Черепашки-ниндзя мешают планам таинственного клана, главой которого является их заклятый враг Шреддер. Неожиданные приключения приведут героев в панцирях в космос, в феодальную Японию и даже в киберпространство.

Существует два мира — мир живых и мир духов. Люди с каждым годом становились все более занятыми, бездушными, перестали верить в духов и утратили способность их видеть. Но испокон веков в человеческом обществе живут люди, способные видеть и слышать духов, вступать с ними в контакт и управлять ими.

Полуофициальная организация блюстителей общественного порядка Weiss Kreuz, члены которой истребляют мировое зло посредством холодного оружия и взрывчатки, а на досуге предаются горестным воспоминаниям об ошибках собственного прошлого, занимается расследованием серии загадочных самоубийств в одной

Истории из далёкой-далёкой галактики и средневековой Японии.

Человечество создало базу на лунной поверхности, чтобы использовать ее, как форпост в освоении Марса. Однако падение в 2101 космической станции «Фрипорт» на Землю вызвало экологическую катастрофу. В войнах за природные ресурсы планеты человеческая цивилизация погибла и Земля превратилась в мертвую

Черепашки сериала встречаются со своими двойниками из мультсериала 1980-х годов, чтобы вместе одержать победу над двумя Шреддерами.

Главным персонажем серий является Майки Саймон из Кливлэнда, штат Огайо, который прошел отбор на участие в популярнейшем анимешном сериале LilyMu. На съемочной площадке он обретает новых друзей, которые помогают ему в его приключениях в Токио.